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Experiment: Expression Level Polymorphism Project (ELP) - Kin-0
Experiment Description
NASCArrays Experiment Reference Number: NASCARRAYS-377
This experiment was donated by The ELP Project website at elp.ucdavis.edu that was supported in part by the Arabidopsis 2010 project, NSF Division of Molecular and Cellular Biosciences, award 0115109.
The study of natural genetic variation for plant disease resistance responses is a complementary approach to utilizing mutants to elucidate genetic pathways. While some key genes involved in pathways controlling disease resistance, and signaling intermediates such as salicylic acid and jasmonic acid, have been identified through mutational analyses, the use of genetic variation in natural populations permits the identification of change-of-function alleles, which likely act in a quantitative manner. Whole genome microarrays, such as Affymetrix GeneChips, allow for molecular characterization of the disease response at a genomics level and characterization of differences in gene expression due to natural variation. Differences in the level of gene expression, or expression level polymorphisms (ELPs), can be mapped in a segregating population to identify regulatory quantitative trait loci (expression QTLs) affecting host resistance responses. In order to identify an appropriate RIL population to map QTL controlling disease resistance responses, we performed a parental survey of 7 different Arabidopsis accessions.
We treated vegetatively grown plants with either salicylic acid or a control solution, and harvested the plants at 3 different time points after chemical treatment. We present Affymetrix GeneChip microarray expression data for 3 biological replications of this parental survey.
About the Experimenter
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Slides in this Experiment
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- Download all of the ATH1 chip data for this experiment
Hybridisation Set: St. Clair: Kin-0
Slide: St.Clair_1-55_269b_Kin-0_0.02%-silwet_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
Summary InformationThis slide has had 1 extract(s) hybridised to it (1-colour).
The slide used was "Affymetrix ATH1 Arabidopsis Genome Array". Click on the options above for more information about this slide and its preparation. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Hybridisation Protocol Information
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide: St.Clair_1-56_319_Kin-0_0.02%-silwet_Rep2_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide: St.Clair_1-57_377_Kin-0_0.02%-silwet_Rep3_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide: St.Clair_1-58_281_Kin-0_0.02%-silwet_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: St.Clair_1-59_303_Kin-0_0.02%-silwet_Rep2_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: St.Clair_1-60_365_Kin-0_0.02%-silwet_Rep3_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: St.Clair_1-61_274_Kin-0_0.02%-silwet_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: St.Clair_1-62_309_Kin-0_0.02%-silwet_Rep2_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: St.Clair_1-63_372_Kin-0_0.02%-silwet_Rep3_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: St.Clair_1-64_270b_Kin-0_0.30mM-SA-in-0.02%-silwet_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: St.Clair_1-65_322_Kin-0_0.30mM-SA-in-0.02%-silwet_Rep2_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Scanning Protocol Information
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Slide: St.Clair_1-66_380_Kin-0_0.30mM-SA-in-0.02%-silwet_Rep3_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Scanning Protocol Information
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Slide: St.Clair_1-67_282_Kin-0_0.30mM-SA-in-0.02%-silwet_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Protocols for BioSource 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide Information
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Scanning Protocol Information
| Image Analysis Information
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Slide: St.Clair_1-68_306_Kin-0_0.30mM-SA-in-0.02%-silwet_Rep2_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Protocols for BioSource 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Extraction Protocol Information
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Slide Information
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Scanning Protocol Information
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Slide: St.Clair_1-69_369_Kin-0_0.30mM-SA-in-0.02%-silwet_Rep3_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Protocols for BioSource 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide Information
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Scanning Protocol Information
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Slide: St.Clair_1-70_278_Kin-0_0.30mM-SA-in-0.02%-silwet_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Protocols for BioSource 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide Information
| Array Design Information
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Scanning Protocol Information
| Image Analysis Information
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Slide: St.Clair_1-71_315_Kin-0_0.30mM-SA-in-0.02%-silwet_Rep2_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Extraction Protocol Information
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Slide Information
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Scanning Protocol Information
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Slide: St.Clair_1-72_374_Kin-0_0.30mM-SA-in-0.02%-silwet_Rep3_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Hybridisation Protocol Information
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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