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Experiment: Circadian expression of genes: modelling the Arabidopsis circadian clock
Experiment Description
NASCArrays Experiment Reference Number: NASCARRAYS-108
Our aim is to study the circadian expression of genes to aid in our attempt of modelling the Arabidopsis circadian clock. Circadian microarray data have previously been published for plants after white light (WL)-dark cycles, using the 8k chip (Harmer et al. 2000). We intend to repeat this experiment using the 26k chips and are coordinating with Dr. Harmer, who is pursuing complementary experiments in UC Davis. Plants will be transferred to continuous WL after entrainment to 12h:12h light dark cycles. RNAs will be harvested every 4 hours over two days, with the same accession and sampling intervals used previously by Harmer et al. The two days of sampling provide internal replication. Our experience shows that this is the most economical design: it is easier to identify rhythms over a two-day timecourse than in two replicates of a single day. Hence: 13 RNA samples on 13 chips in total.
METHOD:
Seed was sown on MS agar plates with 3% sucrose, imbibed at 4 C for 96 hours. Seed was then entrained for 7 days at 22C, in cycles of 12 hours white light, 12 hours darkness. After 7 days they were transferred to constant white light at 22 C: this is time 0h. Tissue harvested at the time points shown after time 0.
About the Experimenter
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Slides in this Experiment
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- Download all of the ATH1 chip data for this experiment
Hybridisation Set: Edwards_genome
Slide: Edwards_1-1_26hr_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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The slide used was "Affymetrix ATH1 Arabidopsis Genome Array". Click on the options above for more information about this slide and its preparation. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Hybridisation Protocol Information
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Protocols for BioSource 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Protocols for BioSource 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Extraction Protocol Information
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Scanning Protocol Information
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Protocols for BioSource 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide: Edwards_1-4_38hr_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: Edwards_1-5_42hr_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: Edwards_1-8_54hr_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: Edwards_1-9_58hr_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: Edwards_1-10_62hr_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: Edwards_1-11_66hr_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Protocols for BioSource 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide: Edwards_1-12_70hr_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: Edwards_1-13_74hr_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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