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Experiment: Transcriptomic studies to understand the circadian clock temperature buffering mechanism
Experiment Description
NASCArrays Experiment Reference Number: NASCARRAYS-147
The circadian clock temporally orchestrates many physiological and developmental processes. The accuracy with which it co-ordinates these events with the daily light/dark cycle gives an organism a competitive advantage. For a clock to remain accurate it must be buffered against unpredictable fluctuations in temperature. We have identified the gene GI as playing a role in this buffering process. To understand the underlying temperature buffering mechanism we aim to investigate, in gi and WT changes in the transcriptome.The Arabidopsis (wt (WS) and gi11 (WS)) seeds will be sterilised and then plated on MS 3% sucrose plates. The seeds will be cold treated for 2 days and then germinated and grown under 12h light 12h dark cycles at 22°C for 7 days. On the seventh day plants will be transferred to constant light at a range of temperatures (12°C, 17°C, 22°C and 27°C). RNA will be isolated over one circadian cycle on the third day of adaptation and then pooled, (prior to pooling the RNA will be analysed on a denaturing gel and using real time PCR and quantified using Quant-itä RNA assay). The pooling over one circadian cycle is essential when you are comparing WT to a mutant with an altered period. Using this approach we aim to identify temperature-regulated transcripts and transcripts that are mis-regulated in gi at specific temperatures.This transcriptomic study is funded by the BBSRC.
About the Experimenter
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Slides in this Experiment
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Hybridisation Set: Gould_Mutant
Slide: Gould_1-5_WT-GI-12degrees_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
Summary InformationThis slide has had 1 extract(s) hybridised to it (1-colour).
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide: Gould_1-6_WT-GI-17degrees_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Hybridisation Protocol Information
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide: Gould_1-7_WT-GI-22degrees_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide: Gould_1-8_WT-GI-27degrees_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: Gould_1-17_GI11-MUT-12degrees_Rep2_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: Gould_1-20_GI11-MUT-27degrees_Rep2_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: Gould_1-21_GI11-MUT-12degrees_Rep3_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: Gould_1-23_GI11-MUT-22degrees_Rep3_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Hybridisation Set: Gould_Wild type
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Slide Information
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Protocols for BioSource 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide Information
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Scanning Protocol Information
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Slide: Gould_1-3_WT-WS-22degrees_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Protocols for BioSource 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide Information
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Slide: Gould_1-4_WT-WS-27degrees_Rep1_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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BioSource 1 Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Protocols for BioSource 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Slide Information
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Slide: Gould_1-9_WT-WS-12degrees_Rep2_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide Information
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Scanning Protocol Information
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Slide: Gould_1-10_WT-WS-17degrees_Rep2_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide Information
| Array Design Information
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Scanning Protocol Information
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Slide: Gould_1-11_WT-WS-22degrees_Rep2_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide: Gould_1-12_WT-WS-27degrees_Rep2_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide Information
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Scanning Protocol Information
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Slide: Gould_1-13_WT-WS-12degrees_Rep3_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Slide Information
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Scanning Protocol Information
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Slide: Gould_1-14_WT-WS-17degrees_Rep3_ATH1 | Add to Slide Selection | Get the data! |
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Scanning Protocol Information
| Image Analysis Information
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Scanning Protocol Information
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